Różnorodność genetyczna i skuteczność ochronna szczepionki przeciwko malarii RTS, S / AS01 ad

Dowody na naturalnie nabytą allelospecyficzną ochronę immunologiczną obserwowano dla antygenu powierzchniowego białka merozoitu (ale nie dla białka circumsporozoit 28) w prospektywnym badaniu kohortowym, a ochronę specyficzną dla allelu opisano w próbie terenowej szczepionki opartej na błonie apikalnej. antygen 1.29 Poprzednie analizy genetyczne próbek pasożytniczych z trzech różnych badań RTS, S fazy 2 nie wykrywały związku między ochronną skutecznością a genetycznym podobieństwem pasożyta do 3D7 (linia konstruktów szczepionki) 30-32; jednak nasze badanie ma zarówno większą próbkę, jak i ulepszoną technologię sekwencjonowania. Sekwencjonowanie nowej generacji (Illumina MiSeq, PacBio) amplikonów reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR) uzyskanych z próbek od uczestników zakażonych malarią pozwala na bardziej czułe badanie genetyczne dotyczące ochrony specyficznej dla allelu i pozwala na bardziej immunologiczną analizę wielowariantowych haplotypów . Stosując metody analizy sitowej (ryc. S1 w dodatku uzupełniającym, dostępne w pełnym tekście tego artykułu), które zostały wcześniej zastosowane do wykrywania skuteczności szczepionki przeciwko allelospecyficznym typem wirusa 1333, związek między skutecznością szczepionki, w dwóch kategoriach wiekowych w odniesieniu do dwóch zdefiniowanych punktów końcowych badania, a białkiem circumsporozoite pasożyta na trzech poziomach: cały haplotyp C-końcowego amplikonu (95 aminokwasów), zdefiniowane obszary haplotypowe C-końca ( 10 do 17 aminokwasów) i poszczególne pozycje polimorficzne. Zbadaliśmy również związek pomiędzy skutecznością szczepionki i liczbą powtórzeń NANP-NVDP, a do kontroli włączono locus antygen 2 seryny (SERA-2); SERA-2 nie było w szczepionce i dlatego nie oczekiwano różnicy skuteczności w odniesieniu do genotypu pasożyta w tym locus.
Metody
Projekt badania i generowanie danych sekwencyjnych
Rysunek 1. Rysunek 1. Miejsca badania i jednostki genomowe. Projekt próbny RTS, S fazy 3 został opisany wcześniej (szczegóły, patrz ClinicalTrials.gov numer NCT00866619) .4-7 Próbki analizowano od biorców szczepionki na wszystkich 11 stanowiskach próbnych , obejmujący siedem krajów w Afryce (rysunek 1A). Próbki reprezentujące dwa punkty końcowe określone w protokole zostały zsekwencjonowane w kohorcie na jeden protokół (tj. Uczestnicy, którzy otrzymali wszystkie trzy szczepienia w miesiącach 0, i 2): pierwotna malaria kliniczna (pierwszy lub tylko epizod klinicznej malarii o gęstości pasożyta > 5000 na milimetr sześcienny), występującą między 14 a 385 dniem po trzecim szczepieniu, oraz dodatnią pasożytność (gęstość pasożyta> 0 na milimetr sześcienny, niezależnie od tego, czy wystąpiły objawy), występująca po 18 miesiącach od szczepienia.3
Próbki od uczestników otrzymano jako wysuszone plamy krwi na kartach próbek Whatman FTA. Metody stosowane do ekstrakcji DNA, amplifikacji PCR i sekwencjonowania zostały opisane w Dodatku Uzupełniającym. C-terminalny białko circumsporozoitu i amplikony SERA-2 sekwencjonowano na platformie Illumina MiSeq. Amplikon NANP-NVDP sekwencjonowano na platformie PacBio ze względu na jego większą długość. Figura 1A pokazuje odpowiednie miejsca regionu powtórzenia NANP-NVDP i C-końcowego amplikonu w obrębie białka circumsporozoite
[więcej w: ginekologia estetyczna, objawy ciąży, objawy endometriozy ]

Powiązane tematy z artykułem: ginekologia estetyczna objawy ciąży objawy endometriozy